MySQL пароли хранятся в базе данных mysql в таблице user в поле Password в зашифрованном алгоритмом MD5 виде.

Проверьте в мониторе MySQL какие пользователи уже зарегистрированы:

use mysql;
select Host,User,Password from user;
+-----------+------------------+-------------------------------------------+
| Host      | User             | Password                                  |
+-----------+------------------+-------------------------------------------+
| localhost | root             | *7C86761E28F5125717745B6B6DB42348BBA21D34 |
| ubuntuvm  | root             |                                           |
| 127.0.0.1 | root             |                                           |
| ::1       | root             |                                           |
| localhost |                  |                                           |
| ubuntuvm  |                  |                                           |
| localhost | debian-sys-maint | *8A34656F9528C91AF66EDEB7CEFB46F3B5DC32CA |
| localhost | zentyal          | *7C86761E28F5125717745B6B6DB42348BBA21D34 |
+-----------+------------------+-------------------------------------------+
8 rows in set (0.00 sec)

Установитe новый пароль, например, для пользователя root, в мониторе MySQL следующим образом:

use mysql;
update user set password=PASSWORD('НовыйПароль') where user='root' and host='localhost';
flush privileges;

Здесь функция PASSWORD() шифрует пароль.